桓玄不是前赵的刘粲，只听老婆的话，所以他反对说：“我想要荡平中原，没有此人不行，怎好杀他？等关陇平定，再作计议。”
可惜的是，刘裕是不会给他这个机会的。
元兴三年(公元404)二月，刘裕以打猎为名，聚集百余人，在京囗突然发难，杀死桓修。
刘裕联合好的刘毅也在广陵起兵，诛杀了桓修的弟弟桓弘。
这一下，反桓的势力大了起来。
众人推刘裕为盟主，传檄四方，各地纷起响应。
桓玄见情势不妙，挟持晋安帝，轻舟逃逸江陵。
三月，刘裕率兵进入建康，坐镇京师，指挥各路人马乘胜西进。经过一个多月的激战，桓玄被逼逃往西川，为益州都护冯迁所杀。
刘裕便迎回晋安帝司马德宗，重立晋朝。他被封为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，掌握朝政。
至此，刘裕在东晋朝廷中，权力达到了顶峰。
刘裕大权在握之后，首先要做的事就是：灭掉后蜀！
这后蜀的建立，就是谯纵。
他也是趁苻坚淝水之战后北方的混乱，趁机建立起来的政权。为了区别他与李氏建立的成汉政权，所以史书称为后蜀。
公元408年，刘裕命襄城太守刘敬宣，率兵五千人攻后蜀。秋七月，兵入三峡中。
谯纵赶紧向后秦求救，姚兴派遣平西将军姚赏，南梁州刺史王敏将兵二万人入援；谯纵也派辅国将军谯道福，率众拒险死守。
两军相持六十余日，晋军不能前进，且军中食尽，又疾疫流行，“死者大半”，当下不得已，引军而还。
公元409年，谯纵接受后秦的封赏为蜀王。
这时的谯纵，以为有了后秦这个大靠山，再也不怕晋朝。
公元412年，刘裕再次筹划取蜀，以西阳太守朱龄石为益州刺史，率宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟，起兵二万攻后蜀。
出发前，刘裕具一锦函给朱龄石，旁书“至白帝乃开”。
他给朱龄石的锦函，里面写的事根据前次刘敬宣走内水（走涪江）失败的教训，引诱蜀人防内水，然后主力走外水（岷江）的速战之策。
朱龄石依照刘裕的计策，成功避开了后蜀的防守，率大军直入蜀地！
这一次晋军终于一直攻到了成都，和后蜀展开了决战！
谯纵组织军民奋力抵抗，但晋军势大难敌，而后秦救援又没及时赶到，终于不敌。
成都被朱龄石攻破，谯纵只有自缢而亡了。
至此，后蜀灭亡。
刘裕占领成都之后，继续发兵攻占汉中。
这汉中是仇池国，也是趁苻坚淝水之战失败后，重新建立起来的政权。如今晋军一攻打，一溃千里，立即请降归附。
刘裕灭了后蜀和仇池国之后，名震天下，气吞八荒，意欲一统天下！