刘裕对刘穆之大家赞赏，转任他为尚书祠部郎。
义熙三年（公元407年）十二月，刘毅想削弱刘裕的权力，因此，建议朝廷任命刘裕为扬州刺史，中书令由谢混接替，而中枢事务就交由孟昶负责。
刘穆之听闻了这个消息后，对刘裕说：“晋朝经历过司马道子乱政及桓玄篡位后，天命已移，你以今天的功勋和地位已经是退不下来的了！而刘毅等人是不会心服你的，将来一定会和你有一番争斗。至于扬州是根本之地，不可以由他人掌握，若果放弃就必定会受制于人，权柄一失亦不可再拿回来！所以，你要亲身入朝讨论，巩固扬州刺史的位置，还要接手录尚书事一职，掌握了中枢权力！”
刘裕听从了刘穆之的建议，很好地把控了朝政，让刘毅的计划落空。
义熙五年（公元409年），刘裕北伐南燕，刘穆之也随军出征，次年灭南燕后又平定了卢循叛乱。
刘穆之在这两件事上都经常在背后计谋划策，决定要事，可以说，刘裕的成功，刘穆之有一半的功劳。
刘毅嫉妒刘穆之的才华，想要离间刘穆之和刘裕的关系，当下在刘裕面前表示刘穆之权力太重，要小心他。
刘裕却丝毫不在意，对刘穆之更加信任，并升任刘穆之为司马。
义熙十年（公元414年），刘裕收拾了刘毅之后，刘穆之进位前将军。次年，刘裕率兵讨伐司马休之，留中军将军刘道怜监留府事，刘穆之加任尚书右仆射，领选，留府事无大小都由他决定。
这时的刘穆之，成了刘裕后方保证的重要人物，相当于刘邦的萧何。
义熙十二年（公元416年），刘裕北伐后秦，留世子刘义符监太尉留府，刘穆之再次留镇建康，转尚书左仆射，领监军、中军二府军司。刘穆之在建康总掌朝政，又要支援在外出征中的军队，做事认真稳妥，很好地保证了刘裕的后方。
第二年九月，刘裕灭亡后秦，占领关中，并打算以关中作基地继续进行北伐。
这时就发生了我们前面提到了刘穆之去世之事，刘裕便决定挥师回去。
他之所以在刘穆之一死，就急着回去，那是因为他感到自己在京邑的根本之地已空虚无靠，不回去的话，要是发生政变，自己将无法掌控东晋。
所以，权衡利弊，他还是决定放弃北伐，回去东晋了。
他这一回去，夏国的赫连勃勃趁机夺取了关中。
刘裕要处理东晋内部的事，也无暇理会赫连勃勃。
刘裕回去之后，上书皇帝，称颂刘穆之的功绩，改赠他为侍中、司徒，追封为南昌县侯。
这也算是刘裕对刘穆之多年的付出的一种回报，可惜的是，刘穆之不能帮助他成就帝业，尤其是统一中国的事业。
后来，刘裕篡晋称帝后，对刘穆之非常追念，追封刘穆之为南康郡公，赐谥号文宣。
他曾对人说：“穆之若果没有死，就会助我治理天下。现在可说是‘贤人去世了，国家危殆了’！”又说：“穆之死后，人们都轻视我。”
通过这些话，可见刘裕是多么的渴望刘穆之活着帮助自己。
刘裕确实需要刘穆之帮助他，因为，他还有很多的大事需要去做！