朱翊钧继位为帝后，因为年纪的原因，国家大小事务都交给了张居正处理，至于内廷的事务，就托给冯保。
他对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名。
当然，这和陈太后有关系，因为，陈太后和张居正的关系非常好，好到了超出了上下级关系。
我们从后来朱翊钧对张居正的痛恨，可以推理出来，张居正很可能泡了陈太后。
朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行万历新政。
政治改革的主要措施，我们上面说过，这里不再说。
要说一说的是，随着朱翊钧的长大，他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，但是，人家已经成了气候，他也没办法。
张居正要是单单把持权力治国，那也就算了，可是，他的权力大到要控制皇帝！
万历七年，公元1579年，朱翊钧向户部索求十万金，以备光禄寺御膳之用。
张居正上疏据理力争，言明户部收支已经入不敷用，“目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆场意外之变，何以给之？”
他要求朱翊钧节省“一切无益之费”。
结果，朝廷不仅免除了这十万两银子的开支，连宫中的上元节灯火、花灯费也免除了。
在张居正的力争下，还停止重修慈庆、慈宁二宫及武英殿，停输钱内库供赏，节省服御费用，减苏松应天织造等，甚至，因为害怕浪费灯烛，将朱翊钧安排在晚上的课程改到了白天。
纂修先皇实录，例得赐宴一次。
张居正参加篆修穆宗实录，提出辞免赐宴。他说：“一宴之资，动之数百金，省此一事，亦未必非节财之道”。
张居正管着皇帝，太后也管着皇帝。
她要返回慈宁宫的是，告诉张居正说：“我不能朝夕看着皇帝，担心他不像从前那样求学、勤于政务，有负先帝的嘱托。先生负有师保的职责，与大臣们不同。你替我朝夕教诲，用德辅佐我，尽你与先帝凭几的友谊。”于是，赏赐张居正坐蟒官服、白银、彩币。
不久，张居正遭遇父亲丧事。
太后还要皇帝派遣司礼宦官慰问他，送给他粥药，劝张居正节哀。
皇家对张居正这么好，其他人就更不用说了，问候的人在道路上络绎不绝，三宫赠送的丧礼礼品很丰厚。
户部侍郎李幼孜想阿谀居正，倡议丧期未满、强令出仕，张居正业为此动心。
冯保也坚决挽留张居正。
众翰林王锡爵、张位、赵志白牛、吴中行、赵用贤、习孔教、沈懋学等都认为不行，张居正不听。
吏部尚书张瀚因为滞留了皇上劝张居正留任的圣旨，被驱逐。
御史曾士楚，给事中陈三谟等接着上书请求挽留张居正。
吴中行、赵用贤和员外郎艾穆、主事沈思孝、进士邹元标相继争议此事，都被处以廷杖责罚，分别遭贬职。
这时有彗星从东南方出现，与天长长相连。
人情激昂，目光都指向张居正，以至于在交通要道悬挂诽谤书。
皇帝下诏告诫群臣，再论及此事的人格杀无赦，诽谤才终止。
朱翊钧派张居正的儿子编修张嗣修与司礼太监魏朝骑快马代替张居正主持丧葬，礼部主事曹诰负责祭祀，工部主事徐应聘负责葬礼。
张居正上奏请求不上朝，穿青衣、白孝服、角带进内阁主持朝政，讲读经书，并且奏请辞谢年薪。