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东汉的中央政府组成沿用西汉官制以三公领九卿为基本架构。但是实际政治权力已经完全转移到尚书台。东汉皇帝即位往往以太傅或太尉录尚书事总领政务。御史台体制贬损成为少府属官。侍中从西汉的加官转为正式职务设侍中寺作为侍中的正式官署隶属少府。
太傅
东汉一朝由于讲求经术太子宫臣中以太傅为首。太傅借此向太子灌输自己的政治理念。太子即位后往往以太傅录尚书事成为事实上的丞相。历史上赵熹、邓彪、张禹、冯石、冯鲂、桓焉、赵浚均以太傅录尚书事。太傅死即除此官（不再任命）以示崇重。汉灵帝时以陈蕃为太傅录尚书事后来陈蕃被处死以胡广继任这是唯一的例外。
与西汉以太师、太傅、太保为上公不同东汉唯以太傅为上公无太师、太保官。汉献帝时董卓迁都长安自任太师位在太傅上。这是权臣擅权所为死后即废。
三公
东汉以太尉、司徒、司空为三公位次上公。三公师长百僚名义上为最高官职其实并无实际权力。
东汉任命三公多以知名经师为之以宣扬经术治国的理念。其实不过是政治花瓶而已。皇帝以尚书参决政务并不以实权付三公。因三公以硕儒经师居官所以往往要为很小的差错承担非常严重的责任以示高节。例如：宋弘为大司空在位五年因考核上党太守无所依据而免官。伏湛行大司徒事以冬祭高庙（汉高祖刘邦的宗庙）因河南尹与司隶校尉在庙中争论失仪而伏湛没有上奏此事免官。汉光武帝对大臣非常严厉、苛刻韩歆为司徒以直言忤旨免官遣归乡里与其子皆自杀。之后欧阳歙、戴涉相继任大司徒下场都是论罪下狱、被处死。
太尉
汉光武帝即位置大司马官负责全国军官的考核每岁末评定等次上奏皇帝作为军官升迁、降调的依据当时有大司马吴汉。
参考：《后汉书·百官一》太尉条原注：“掌四方兵事功课岁尽即奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（51年）改大司马为太尉。
按东汉制度三公掌谋议国之大政。太尉的主要参政途径就是与司徒、司空共同讨论皇帝交议的国政定议后会衔上奏。东汉一朝仅见牟融、徐防以太尉录尚书事与太傅参决政事。这说明太尉除非被任命为录尚书事并没有决定政务的职权。
按东汉以三公领九卿的制度太尉领太常、卫尉、光禄勋三卿。太尉府属吏有：长史一人秩千石总管各曹事务。各曹掾、史、属共二十四人。在诸曹中西曹负责太尉府官吏的任免；东曹负责二千石的迁调；户曹负责户籍、祭祀、农桑；奏曹负责奏议；辞曹负责审理案件接受上诉；法曹负责驿站事务；尉曹负责士卒和囚犯的征调、运输事务；贼曹负责缉拿盗贼；决曹负责裁决刑法；兵曹负责军事事务；金曹负责货币与盐铁事务；仓曹负责国家仓库事务。此外还有黄阁主簿是阁下诸吏的长官。另有令史及御属二十三人阁下令史负责太尉的仪仗执事；记室令史负责太尉府的奏章等各种文书的管理；门令史负责太尉府门卫。其他令史分隶诸曹办理文书事务。从东汉太尉府诸曹的设置以及职掌来看太尉的管辖范围似乎非常广但那都是名义上的东西太尉诸曹所领事务或受制于尚书台或仅仅为文牍往来本身并没有可否之权而且太尉对本府诸曹事务并没有实际节制的权力。
司徒
汉光武帝即位置大司徒官负责人民教化掌礼仪诸事。与太尉、司空共同讨论皇帝交议的国政定议后会衔上奏。
参考：《汉官仪》：“王莽时议以汉无司徒官故定三公之号曰大司马、大司徒、大司空。世祖（刘秀庙号）即位因而不改。”《后汉书·百官一》载：“司徒公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事则议其制建其度。凡四方民事功课岁尽则奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（公元51年）去“大”称司徒。
司徒领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人秩千石。掾属三十一人。
司空
汉光武帝即位置大司空官负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务。与太尉、司徒共同讨论皇帝交议的国政定议后会衔上奏。
参考：《后汉书·百官一》云：“掌水土事。凡营城起邑浚沟洫、修坟防之事则议其利建其功。凡四方水土功课岁尽则奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（公元51年）去“大”称“司空”。汉献帝建安十三年（公元208年）改司空为御史大夫职掌不变不领御史台与前代御史大夫仅仅是名称相同而已。