司空领宗正、少府、司农三卿。司空属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
大司马
汉武帝废太尉设大司马加于大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军之上。东汉光武帝又废大司马为太尉为掌管军政和军赋的最高官职即全国最高军事长官。东汉时太尉与司徒、司空并称三公。东汉光武帝刘秀时削弱三公的权利后来三公几乎无实权只是荣誉的象征。东汉末年三公（太尉、司徒、司空）已成为虚职在三公之外另设大司马大司马和大将军均位在三公之上如刘虞、权臣李傕。三国时期各国在三公之外另设大司马一般由大将军升迁而来。如：魏国的大司马曹仁、曹休、曹真；蜀汉的的大司马蒋琬；吴国设有大司马和左大司马、右大司马一般由大将军或者上大将军升迁而来如丁奉、吕岱、陆抗、施绩、朱然。
九卿
东汉沿西汉制度以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。与西汉不同的是东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
东汉九卿均于官称上加“卿”字如太常卿等秩中二千石。除此之外东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹增三公曹将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人诸曹侍郎各六人令史诸曹各三人事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。
将军
在秦代以前武职将军名号只有大将军、前、后、左、右将军。汉代将军不常设主征伐。事毕则罢。汉文帝时始有车骑将军、卫将军。东汉的将军也是中央政府的重要组成部分有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前将军、后将军、左将军、右将军。大将军位在三公上骠骑将军、车骑将军、卫将军位次列于九卿位在三公下。前、后、左、右将军位次列于九卿不常置。东汉中期以后太后临朝称制外戚以大将军执政与太傅、三公合称为五府。
以上将军均开府府属有长史、司马各一人从事中郎二人掾属二十九人令史御属三十一人。将军以本号领军的各有部曲、校尉。
汉魏时期有军功者比比皆是授予官职的难度加大。因此常在“将军”前冠以某个名号以作为他的官职这种名号并无一定名号之间也无上下级关系因此称为杂号将军。临事设置事毕即撤。如骁骑、楼船、材官、伏波、贰师、度辽、龙骧等或以所领部队（如骁骑、材官）或因奉行的任务（如李广利攻贰师城）。唯度辽将军因南匈奴所部时有内乱自永平八年（65年）后常设。汉末以后开始出现四征、四镇、四平、四安等重号将军。
地方官制
编辑
东汉的地方官制与西汉相比较在郡、县两级是基本相同的不过郡的重要性和权力较西汉下降很多。在州一级则有根本性的差异东汉的州已经演变成为一级地方凌驾于郡之上。至此中国古代的地方行政区划由郡县制转变为州、郡、县三级制一直延续到隋朝“废郡”为止。
州刺史
东汉将洛阳之外的地区划分为十二个州各遣刺史一人为长官。另以京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农七郡为司隶校尉辖区称司隶部（汉代州也称部）。
司隶校尉是京官本职为监察在京百官诸不法事。东汉时每每退罢三公均由司隶校尉纠劾所致所以司隶校尉号为“雄职”。皇帝召集朝会的时候司隶校尉与御史中丞、尚书令三人有单独的席位称“三独坐”。司隶校尉秩比二千石属官有从事（流行的韩剧中每每出现的从事官就是由此得名）、假佐（假：代理的意思；佐：助手的意思。就是说是可以代行事务的助手）等另统领一支由一千二百名奴隶组成的武装警察部队司隶校尉的官名也由此而得。
诸州沿西汉汉成帝制度设州牧一人秩二千石。建武十八年（公元42年）改刺史秩六百石。汉灵帝中平五年（公元188年）再改州牧秩二千石。东汉刺史有固定的驻地和官署纠劾所部太守县令不必如西汉制度上三公按验可以直接罢免之。改州牧后兼领军政位高权重有点类似于唐朝的节度使而管辖地域的广阔又不是节度使所可以相比的。
与西汉相同的是刺史也要周行郡国查探政情年终回京复奏。不过东汉的刺史不必亲自回京而是派遣属吏向司徒府报送文书而已。
郡国
东汉共设郡国一百零五：王国二十七司隶部属郡七列郡七十一。除司隶部所辖七郡外王国与列郡均分隶诸州其中豫州领郡国六冀州领九兖州领八徐州领五并州领九幽州领十一青州领六荆州领七扬州领六益州、凉州各领十二交州领九郡。
东汉制度皇子封王以郡为国。每国置傅、相各一人。傅主王府事职如汉朝的太傅；相如郡太守主政务；相有长史一人职如郡丞。另置中尉一人秩二千石职如郡都尉是主管军政、缉捕盗贼的军官。
王府置郎中令一人秩千石职务和汉朝的郎中令相类似主管王府的大夫、郎等；仆一人秩千石负责王府的车马训练与驾驭；治书数人秩六百石职如尚书；谒者数人秩四百石职务是奉王命出使；另有礼乐长、卫士长、医工长、永苍长、祠祀长等秩皆比四百石。
郡太守秩皆二千石只有河南郡因京师所在长官称河南尹位比九卿秩中二千石。诸郡各置丞一人位次太守秩六百石负责民政事务；边郡（就是设置在边境地区的郡）另置长史一人秩六百石负责军政事务。长史之下有司马一人负责具体军事指挥。东汉内地不设郡都尉以太守领兵。边郡置都尉或属国都尉领军并辖县地位略与内地较小的郡相仿。如汉和帝永元元年（公元89年）置西河属国都尉、上郡属国都尉；永和十五年（公元105年）置辽东西部都尉；汉安帝置右扶风都尉、京兆虎牙都尉等。